Согласно части 8 статьи 34 Закона о контрактной системе штрафы начисляются за неисполнение или ненадлежащее исполнение поставщиком (подрядчиком, исполнителем) обязательств, предусмотренных контрактом, за исключением просрочки исполнения поставщиком (подрядчиком, исполнителем) обязательств (в том числе гарантийного обязательства), предусмотренных контрактом. Размер штрафа устанавливается контрактом в виде фиксированной суммы, определенной в порядке, установленном Правительством Российской Федерации.

Пунктом 2 Постановления Правительства РФ от 30.08.2017 № 1042 предусмотрено, что размер штрафа устанавливается контрактом в порядке, установленном пунктами 3 - 9 настоящих Правил, в виде фиксированной суммы, в том числе рассчитываемой как процент цены контракта, или в случае, если контрактом предусмотрены этапы исполнения контракта, как процент этапа исполнения контракта (далее - цена контракта (этапа)).

В соответствии с подпунктом "б" пункта 1 части 1 статьи 95 Закона, если по предложению заказчика увеличиваются предусмотренные контрактом количество товара, объем работы или услуги не более чем на десять процентов или уменьшаются предусмотренные контрактом количество поставляемого товара, объем выполняемой работы или оказываемой услуги не более чем на десять процентов. При этом по соглашению сторон допускается изменение с учетом положений бюджетного законодательства Российской Федерации цены контракта пропорционально дополнительному количеству товара, дополнительному объему работы или услуги исходя из установленной в контракте цены единицы товара, работы или услуги, но не более чем на десять процентов цены контракта.
Письмом Минэкономразвития России от 12.12.2016 N Д28и-3400 разъяснило, что после внесения в установленном порядке изменений в контракт начисление пеней и штрафов осуществляется с учетом внесенных изменений.